Майкл Фассбендер родился 2 апреля 1977 года в Хайдельберге, Германия. Мать актёра — ирландка, отец — немец. Согласно семейному древу Фассбендера, мать актёра — правнучатая племянница ирландского революционера Майкла Коллинза. В 1979 году семья переехала в город Килларни (Ирландия), где отец Майкла открыл ресторан West End House и работал там шеф-поваром.
После окончания колледжа отправился в Cork в Colaiste Stiofain Naofa, где прошел годовой курс обучения.
Поступил в Drama Centre London, но на последнем году бросил обучение. После прощания с «Central School of Speech and Drama» Майклу Фассбендеру удалось отправиться на гастроли со спектаклем «Три сестры» от «Oxford Stage Company».
Снялся в клипе группы The Cooper Temple Clause на песню «Blind Pilots».
Снялся в рекламном ролике авиакомпании SAS и пива Гиннесс.
Первой ролью Фассбендера стала роль сержанта Бёртона Кристенсона в популярном минисериале «Братья по оружию».
Из последних заметных ролей — лейтенант Арчи Хикокс в «Бесслав